In der Nachkriegszeit gibt es nur wenige Strafverfahren wegen der im Columbia-Haus begangenen Verbrechen. 1948 verhandelt die Zehnte Große Strafkammer des Landgerichts Berlin gegen den ehemaligen SS-Wachmann Karl Pfitzner wegen des Vorwurfs der Gefangenenmisshandlung. Er erhält eine Zuchthausstrafe von vier Jahren.

Im Jahre 1964 kommt es zu einem von der Zentralen Stelle der Landjustizverwaltungen in Ludwigsburg eingeleiteten Ermittlungsverfahren wegen der Morde an den homosexuellen Häftlingen 1935. Das Verfahren wird eingestellt, da die beiden beschuldigten SS-Angehörigen in der Zwischenzeit verstorben sind.

Ein weiteres Vorermittlungsverfahren der Zentralen Stelle der Landesjustizverwaltungen gegen die ehemaligen Kommandanten Alexander Reiner, Karl Koch, Walter Gerlach und Heinrich Deubel scheitert aus demselben Grund.

Einige ehemalige Angehörige der Kommandantur werden wegen Verbrechen in anderen Konzentrationslagern angeklagt und verurteilt. Aber wegen der im Columbia-Haus begangenen Verbrechen wird nach 1945 niemand strafrechtlich zur Verantwortung gezogen.